Jako młody chłopak, Kabuto znaleziono wśród martwych przeciwników po bitwie o Kikyo przez dyrektora ds. medycznych w Konoha. Oficer uznał Kabuto za syna i nauczył go medycznych jutsu. W pewnym momencie, Kabuto został zwerbowany przez Sasoriego z Akatsuki, który wysłał Kabuto aby szpiegował Orochimaru. Orochimaru odkrył to, uwolnił Kabuto, pozostawiając go z możliwością pójścia za nim. Przy odrobinie perswazji, Kabuto zgodził się na pójście z Orochimaru.
Kabuto jest wykorzystywany do szpiegowania na rzecz Orochimaru, odgrywając rolę sługi Sasoriego, by zdobyć wiedzę o planach Akatsuki. Poprzez jego powiązania z Konohą, Kabuto był w stanie zdobyć stopień genina brał udział w egzaminie na chunina w celu zebrania informacji na temat innych uczestników. Dodatkowo, dzięki wiedzy medycznej krtórej nauczył go jego przybrany ojciec, Kabuto jest w stanie przeprowadzać eksperymenty na ludziach dla Orochimaru, przy jednoczesnym zwiększaniu jego znajomość l
udzkiego ciała.
Lojalność i osobowość
Lojalność i osobowość Kabuto jest trudno dostrzec. Jest to sadystyczny, ale uprzejmy, pomocny chłopak. Lubi grać w gry umysłowe, co pokazuje na swoich wrogach, często irytuje ich, wskazując ich słabości. Wydaje się,że nie toleruje chamstwa, upomnina Sasuke Uchiha by traktował Orochimaru z szacunkiem. Orochimaru cały czas testuje Kabuto, nakazuje porwać Sasuke i zastanawia się, czy aby Kabuto go nie zabije, nawet daje aluzje, że teraz będzie dogodny moment na zatrzymanie jego planu.
Kabuto okazał się być wykwalifikowanym i przebiegłym ninja, szczególnie ze względu na jego umiejętności medyczne. Jego umiejętności są na bardzo wysokim poziomie ,świadczy o tym to że był wstanie stosunkowo łatwo zabić członków ANBU, a nawet drwiąco stwierdził że mógł by zabić co najmniej 10 członków ANBU. Podczas walki z Tsunade, stwierdziła że jego umiejętności medyczne mogą przekraczać jej własne. Poprzez obserwowanie przebiegu akcji, Kabuto może szybko ustalić powage sytuacji . Nawet gdy wlaczy z silniejszym przeciwnikiem, może szybko go pokonać, wykorzystując jego słabości.
Mistrz Medycyny
Pomimo młodego wieku, Kabuto wykazuje ogromne umiejętności w medycznym ninjutsu. Dzięki jego głębokiej wiedzy o medycznych ninjutsu i anatomi człowieka, Kabuto może szybko uleczyć swoje ciało i poważnie zranić przeciwnika udeżając go w klatke piersiową. Opracował również unikalną zdolność, może ponownie ożywić martwe komórki i zacząć tworzyć nowe, jak również ma możliwość reanimacji zwłok. Jest to przede wszystkim wygodne, kiedy eksperymentuje na ciałach, wtedy mogą zostać wykorzystane w sytuacji ucieczki, lub w walce .Kabuto ma mniejsze umiejętności w walce w ręcz, jego styl walki obraca się głównie wokół jego wiedzy medycznej.
Manipulacja
Kabuto jest równierz doskonałym manipulatorem.Udaje zawsze słabego ninja ale tak naprawde jest niebezpiecznym przeciwnikiem.Zna Las Śmierci jak własną kieszeń i często manipuluje ludźmi mówiąc że chce im pomóc, lecz tak naprawde zawsze ma w tym jakiś ukryty cel.
Egzamin na Chunina
Przed pierwszą fazą Egzaminu, Kabuto zaprzyjaźnia się z jedenaściorgiem geninów z Konohy informując ich o sile geninów z innych wiosek. Podczas drugiego etapu egzaminu, Kabuto łączy siły z Drużyną 7, aby zakończyć drugą faze. Napotykają małe trudności czyli Drużyne Oboro. Po przybyciu do wieży, Kabut
o dołączył do kolegów z drużyny i wszedł do wieży, gdzie zdał raport Orochimaru czego dowiedział się o Sasuke.Następnie zrezygnował z dalszego udziału w egzaminie, wyjaśniając Naruto że jest zmęczony, ranny, i nie chce ryzykować dalszej utraty zdrowia, lecz tak naprawde Kabuto nie chciał ujawniać swoich możliwości. Orochimaru nakazał Kabuto porwać Sasuke.Udało mu się zabić ośmiu członków ANBU którzy pilnowali Sasuke ,prawie udało mu się wykonać to zadanie, ale Kakashi Hatake zainterweniował i zmusiał Kabuto do ucieczki.Podczas trzeciej fazy rozgrywek, Kabuto przebiera się za członka ANBU i miesza się z publicznością. Kiedy Sasuke walczył z Gaarą, Kabuto uśpił publiczność sygnalizując początek inwazji na Konohe.Nie brał udziału w walce i uciekł gdy inwazja nie powiodła się.
